所谓“焚书坑儒”实际上是两个独立的事件。秦始皇嬴政，是中国历史上极富传奇色彩的人物。他功高无两，但又残暴奢侈，他的功过是非一直备受争议。其中，他最受指责的行为之一，就是“焚书坑儒”。那么他到底焚的什么书？坑了哪些儒？
前219年，秦国统一六国后2年，秦始皇巡游天下，到了泰山，就和随行的大臣、儒生讨论举行封禅仪式。儒生们就提出各式各样的建议，比如“古时候君王封禅，要用蒲草包裹车轮，不伤害一草一木，祭祀要用特制的草席”，每个人都各有主意，又无法统一意见，而且很多都难以实现。经过这件事，秦始皇发现儒生们喜欢空谈，所说的往往难于实施，因此并不太欣赏儒生。
前213年，46岁的秦始皇在咸阳宫饮酒设宴。儒生淳于越建议秦皇效仿西周分封子弟、藩卫皇室。这一建议遭到李斯严厉反对，李斯认为淳于越厚古薄今、目光浅短，看不懂郡县制是“万世之功”。
李斯借着批判淳于越的机会，向秦始皇进谏，指出读书人厚古非今、妄议朝政、扰乱百姓，每次发布政令，这些人都按照自己的学说进行议论，入朝时口是心非，出朝后便街谈巷议，通过标新立异来博取声望。如果不加禁止，就会降低帝王威势，造成臣下拉帮结派。所以，李斯请求让史官把除了秦国自己的史书，全部烧毁；除了博士（官职）可以按职责收藏《诗》、《书》、百家言论等，其他一概烧毁，并禁止民间私藏这些书籍；只有医药、占卜、种植等书籍不烧毁；如果想要学习法令，就跟官吏学习。秦始皇本来就不太欣赏儒家等学说，于是下令同意实施，这就是大家经常听到的“焚书”了。
李斯进谏的内容，贴在下面和大家共赏：
“异时诸侯并争，厚招游学。今天下已定，法令出一，百姓当家则力农工，士则学习法令。今诸生不师今而学古，以非当世，惑乱黔首，相与非法教。人闻令下，则各以其学议之，入则心非，出则巷议，夸主以为名，异趣以为高，率群下以造谤。如此弗禁，则主势降乎上，党与成乎下。禁之便！臣请史官非秦记皆烧之；非博士官所职，天下有藏《诗》、《书》、百家语者，皆诣守、尉杂烧之。有敢偶语《诗》、《书》，弃市；以古非今者族；吏见知不举，与同罪。令下三十日，不烧，黔为城旦。所不去者，医药、卜筮、种树之书。若欲有学法令，以吏为师。”-李斯谏秦皇焚书
综上可知，其实秦始皇真正焚毁的书籍是秦国之外的史书；《诗》、《书》、百家言论等书籍，官方都有收藏；医药、占卜、种植等书籍则完全不受影响。焚书的目的则是为了统一思想，对百姓进行思想控制和“愚民统治”。秦始皇这一行为确实十分可耻，是不可宽恕的。
秦始皇晚年非常怕死，希望能找到不死药。有不少方士投其所好，主动要求帮秦始皇找不死药，来换取荣华富贵。比如，徐巿带着童男童女入海求药；卢生和侯生也在这些人之列，卢生曾经出海，带回了“亡秦者胡也”的预言，导致秦始皇派蒙恬攻击胡人，修筑长城。
起初，秦始皇对这些寻找不死药的方士非常支持和尊敬，赏赐丰厚。但是时间久了，迟迟没有成果。比如，韩生拿了秦皇的钱财就躲起来找不到了；徐巿耗费超过万金，却毫无进展，偶尔回报一些无关紧要的搪塞之言；卢生和侯生骗了大量赏赐，也是毫无进展。
秦始皇对这些方士越来越不信任。卢生和侯生知道了，自知找不到不死药，按照秦法要被诛杀，就谋划逃跑。逃跑前，他们还不忘自我辩白，和儒生聚在一起指责秦皇刚愎暴戾、自以为是、肆意妄为、残忍好杀，最后得出结论，说“（秦始皇）如此贪恋权势，不能给他求取仙药”，这样做足了舆论，才逃跑躲了起来。秦始皇听了卢生的议论和诽谤后，大为恼火，说：“我对他们这么尊敬和信任，赏赐丰厚，他们却反而挖苦诽谤我。我派人查问一些儒生，才发现有人在制造妖言邪说，惑乱百姓”。于是下令盘查儒生，追查参与诽谤的人，有些儒生为了自保，开始告发别人。最后，找出违法犯禁的460多人，全部在咸阳活埋，并昭告天下，以儆效尤。
综上可知，所谓的“坑儒”其实是坑杀了一些违法犯禁、诽谤秦始皇的方士和儒生，并不是很多人所理解的滥杀无辜，所以在“坑儒”这件事上，其实大家对秦始皇有些苛责了。