扁鹊是勃海郡郑（今河北任丘）人，姓秦，名越人，传说他是齐国卢邑（今山东长清）人，因此又号卢医。
秦越人年轻时帮别人管理旅社，职位名为舍长，并且一干就是十几年。在这期间，有位叫长桑君的老者到处游历，经常在他管理的旅社里住宿。长桑君是位神医，但别人觉得他和普通人没什么两样，只有秦越人认为他绝不是碌碌无为的平庸之人，因此十几年来一直都对他非常恭敬，从不怠慢。长桑君非常感动，同时十几年的来往，他也意识到秦越人不是个寻常之人。有一天，长桑君把秦越人叫去，将自己珍藏的医药秘方全部传授给他。从此以后，秦越人就离开宾馆，奔波于各地悬壶行医，有时在齐国，有时在赵国。
秦越人尽得长桑君秘传，医术高超，反对巫术治病，以丰富的医疗实践和前人经验为基础，总结出看气色、听声音、问病情、按脉搏的诊断疾病方法，也就是中医里望、闻、问、切的四诊法，应用砭刺、针灸、按摩、汤液、热熨等法治疗疾病，对中医药学的发展做出了特殊的贡献，由此被尊为中国传统医学的鼻祖。
秦越人最擅长的是望诊和切诊，切脉技术高超，一生游历四方行医，去过很多地方，很快就声明远播。传说古人认为医生治病救人，走到哪就把健康和安乐带到哪里，就好像给人们传递喜讯的喜鹊，因此人们称呼那些艺术精湛，品德高尚的医生为“扁鹊”。上古黄帝时期就有个神医名叫扁鹊。而秦越人医术高明、学识渊博，游历四方，治病病救人，人们为了表示对他的尊敬，就用“扁鹊”的名号来称呼他。
扁鹊的称呼由此沿用下来，成为春秋战国时代的名医。扁鹊精于内、外、妇、儿、五官各科。他云游各国，为各地的人看病除疾。到了赵国的都城邯郸，他得知当地人尊重妇女，便做了带下医，就是现在的妇科医生；到了周都洛邑，得知周人敬爱老人，他就做专治耳聋眼花四肢痹痛的五官科医生。
扁鹊来到虢国，正碰上虢太子死去，即将下葬。扁鹊发现虢国的百姓们不干别的事，都在举行除邪去病的祭祀，便来到宫门前，问一位官员太子是因为什么病死的。那位官员告诉他，太子是因为体内正气抑制不住邪气，邪气外冲，阴脉急迫，猝死的。他还告诉扁鹊太子死了不到半天，还没收殓。于是扁鹊断定太子还没有死，便告诉他自己能救活太子。这个官员把这话告诉了虢国的国君，国君十分惊讶，出宫接见扁鹊，请他救活自己的儿子。
扁鹊先用针灸使太子苏醒，开方下药将药物敷在太子肋下，不一会儿，太子就能坐起来了。接下来，就让他吃了二十天的汤剂，太子就完全康复了。于是，天下人盛传，扁鹊可以起死回生，但扁鹊自己说，自己也没办法让死人复活，只是他并没有死，而自己让他康复了。
扁鹊来到齐国，当时齐国的国君是田氏代齐以后的第三位国君——齐桓公田午。这个齐桓公和“春秋五霸”之一的姜姓齐国的齐桓公小白称呼相同，为了区分开史称“田齐桓公”或“齐桓公午”，又因为当时蔡国已亡，而齐国以上蔡为都城，因此也称蔡桓公。蔡桓公把扁鹊视为上宾。
扁鹊入朝拜见蔡桓公，站了一会儿，对他说：“您有小病在皮肤的纹理之间，如不就医，将会加重。”蔡桓公说：“寡人没病。”扁鹊走后，蔡桓公对左右的人说：“医生就喜欢给没病的人治病，医治后就说能治愈都是自己的功劳。”过了几天，扁鹊再去拜见蔡桓公，对他说：“您的病已经深入到血脉之中，再不治疗会更加严重。”蔡桓公还是说：“寡人没病。”扁鹊退出，蔡桓公很不高兴。又过了几天，扁鹊又去拜见蔡桓公，这次他说：“您的病已经到了肠胃中，还不医治，将会更加严重。”这次蔡桓公对扁鹊不理不睬。扁鹊无奈，摇头退出，蔡桓公更加不高兴。又过了几天，扁鹊入朝，远远望见蔡桓公后，转身就退出来跑了。蔡桓公不解，特别派人去问他为什么要跑。扁鹊说：“疾病在皮肤纹理之间，用药物热敷就可治愈；疾病达到肌肤，用针灸也可治疗；疾病深入肠胃，就需要熬煮汤药才能治疗；如今疾病已经深入骨髓，医药已经不能再起作用，那就不是我力所能及的了，所以我不敢请求治疗，只能跑开了。”几天后，蔡桓公病情加重，浑身疼痛，派人寻找扁鹊，但扁鹊已经逃跑前往秦国去了。于是，蔡桓公就死去了。
扁鹊来到秦国，得知秦国人喜欢孩子，就在这里做了儿科医生。秦武王生病，知道扁鹊是名医，就请扁鹊为自己治病。武王的近臣说：“大王的病在在耳目之间，治疗没有把握能治好，稍有差池，还可能使耳朵失聪，眼睛失明。”秦武王将这话告诉了扁鹊。扁鹊听后，非常生气，把针石丢在地上，怒道：“君王请懂医术的人来治病，却和无知的人讨论病情。从这一点就可知道秦国内政如何，长此以往，恐怕随时可能亡国！”秦国的太医令李醢自知医术不如扁鹊，很妒忌扁鹊，又害怕扁鹊会威胁自己的地位，于是暗中派人刺杀了扁鹊。
扁鹊死后，曾被他救活的虢国太子感其再造之恩，便将他收葬。